JRでは工事期間中の湧水についてJRの検討中の案ではありますが、伊那山地トンネルについては壬生沢川沿いに管路等を仮置きし、壬生沢川へ水を流さず天竜川へ排水する予定で、阿島トンネルは想定量が少ないことから、ヤード内で濁水処理・水質検査を行ったうえで、壬生沢側へ流すとのことです。
構造物完成後のトンネル湧水は、いずれのトンネル湧水も、高架橋の桁内に設ける管路にて天竜川付近まで流下させることが考えられており、流下にあたっては、管路の流量計算を実施し十分な安全を保った上で行われる予定です。